L'Association a pour but principal de promouvoir, organiser, gérer et mener à bien des programmes systématiques de dépistage du cancer dans les cantons du Jura, de Neuchâtel et de Berne pour son arrondissement administratif du Jura bernois, destinés aux populations qui y sont domiciliées et sont visées par de tels programmes.

L'Association agit sur mandat commun ou particulier des cantons du Jura, de Neuchâtel et de Berne, par type de cancer.

L'Association peut également assumer d'autres tâches spécifiques, rentrant dans ses champs de compétences, sur mandat particulier d'autres organisations actives dans l'espace BEJUNE.